Unter den verschiedenen Gruppen von Cyanotoxinen sind Microcystine diejenige, die vermutlich am häufigsten in gesundheitsrelevanten Konzentrationen vorkommt. Daher sind ihr Vorkommen sowie ihre Entfernbarkeit durch Verfahren der Trinkwasseraufbereitung inzwischen gut durch andere Institutionen, insbesondere durch Wasserversorger, untersucht. Die Forschung des Umweltbundesamtes konzentrierte sich von 1999 bis 2005 auf ihre Elimination durch Ufer- und Langsamsandfiltration.
Microcystine sind nur eine Gruppe zahlreicher Oligopeptide (kleine Eiweißmoleküle), die in großer Vielfalt in Cyanobakterien gefunden werden und im Labor bioaktive Wirkungen zeigen, in dem sie verschiedene Enzyme hemmen. Auch zeigen Cyanobakterien verschiedene Giftwirkungen in Toxizitätstests zum Beispiel mit Zellkulturen, Fischeiern oder Wasserflöhen, wobei jedoch unklar ist, welche Inhaltsstoffe diese Wirkungen verursachen. Im EU-Projekt PEPCY hat das UBA daher die Zusammenarbeit mit zehn weiteren Forschungseinrichtungen aus 7 Europäischen Ländern koordiniert, um zu ermitteln, wie verbreitet das Vorkommen dieser anderen Peptide ist, welche Faktoren es steuern, wie giftig sie für Menschen und Wasserflöhe sind und wie man sie am besten nachweisen kann. Im Ergebnis zeigte sich eine Giftwirkung mancher Oligopeptide auf Wasserflöhe, jedoch wurden keine Hinweise für eine Wirkung auf Menschen gefunden. Ferner wurde deutlich, dass andere Peptide in teilweise höheren Konzentrationen vorkommen, als die humantoxischen Microcystine. PEPCY schaffte eine Grundlage dafür, das Vorkommen der „Cyanopeptide” und somit auch der Microcystine besser zu verstehen, vorhersagen und beherrschen zu können.
Neben den Microcystinen erweist sich eine ganz andere Stoffgruppe unter den Cyanotoxinen als sehr verbreitet – das Cylindrospermopsin. Überraschend stellte das Umweltbundesamt unlängst in einem Verbundprojekt mit zwei Partnerinstituten fest, dass dies durch mindestens eine in Deutschland weit verbreitete Cyanobakterienart produziert wird. Nunmehr gilt es zu ermitteln, in wie weit dieses Cyanotoxin eine Gesundheitsgefährdung darstellt und ob es mit denselben Mitteln zu beherrschen ist wie die Microcystine.