Aufgrund ihrer Eigenschaft, gezielt bestimmte Lebewesen zu töten, haben Pflanzenschutzmittel immer einen Einfluss auf die Lebensgemeinschaft im Boden. Im Zulassungsprozess eines Pflanzenschutzmittels werden diese Auswirkungen auf einen Teil der Bodenorganismen untersucht. Da dieser Prozess europäisch geregelt ist, gibt es einheitliche Anleitungen für die Bewertung der Risiken für Bodenorganismen. Allerdings bot eine früher in Deutschland verwendete Bewertungsmethode einen höheren Schutz als die EU-weit verwendete Methode. Letztere muss seit 2020 auch in Deutschland angewendet werden.
In Deutschland sind die Bodenorganismen jedoch, im Vergleich zu anderen EU-Mitgliedstaaten, als besonders durch Pflanzenschutzmittel gefährdet anzusehen. Hier wird auf 50 Prozent der Landesfläche Landwirtschaft betrieben. Dies ist verbunden mit einem starken Einsatz von Pflanzenschutzmitteln. Pro Fläche werden mehrmals im Jahr mehrere Mittel angewendet. Es muss davon ausgegangen werden, dass viele dieser Mittel die Bodenorganismen zumindest kurzfristig schädigen. Damit sich die Populationen von so einer Schädigung erholen können, bräuchten sie eine längere Periode ohne weitere Pflanzenschutzmitteleinsätze. Doch auf den meisten Äckern werden diese mehrmals im Jahr ausgebracht. Eine Erholung ist dadurch deutlich erschwert. Auch eine Wiederbesiedelung des Ackers mit Regenwürmern und anderen Bodenorganismen aus umgebenden Flächen ist oft nicht in ausreichendem Maß möglich. Denn die Äcker in vielen Regionen Deutschlands sind mit 30 bis 60 Hektar relativ groß. Bei so großen Ackerflächen ist eine Einwanderung von Regenwürmern, Bodenpilzen oder Kleinstlebewesen in die gesamte Fläche innerhalb eines Jahres unmöglich.
Die Folgen sind deutlich sichtbar. Die Roten Listen zeigen, dass die Bestände von 37 Prozent der Regenwurmarten zurück gehen. Die Rote Liste der Regenwürmer Deutschlands nennt die Landwirtschaft als hauptsächliche Gefährdungsursache. Auch bei Gliederfüßern wie Asseln und Tausendfüßern nehmen mehr als 20 Prozent der Arten in ihren Beständen ab. Um diesen Trend zu stoppen, ist ein umfassender Bodenschutz nötig.
Ein Baustein zum Schutz der Regenwürmer ist die Reduktion des Pflanzenschutzmitteleinsatzes wie von der Farm to Fork-Strategie des Europäischen Green Deals gefordert wird. Im Rahmen der EU-Bodenstrategie wurde ein Bodenüberwachungsgesetz entwickelt und im Juni 2024 verabschiedet. Dieses legt Regeln für die nachhaltige Nutzung und Wiederherstellung von Böden fest. Aber auch eine strengere, EU-weit einheitliche Bewertung und Regulierung der Risiken von Pflanzenschutzmitteln für den Boden ist notwendig, um die Auswirkungen auf Bodenlebewesen reduzieren zu können. Dafür wird derzeit ein neues europäisches Bewertungskonzept entwickelt, an dem das Umweltbundesamt intensiv mitarbeitet.