Das BMG beruft gemeinsam mit dem Bundesministerium für Umwelt, Naturschutz, Bau und Reaktorsicherheit und den zuständigen obersten Landesbehörden die Mitglieder der Kommission für eine Sitzungsperiode von vier Jahren.
Die Mitgliedschaft in der BWK ist ehrenamtlich. Die Kommissionsmitglieder kommen aus universitären Einrichtungen, Landesbehörden und Gesundheitsämtern. Neben den berufenen Mitgliedern und ständigen Gästen nehmen an den Sitzungen auch die Vertreter des BMG, des BMUB, des Bundesministeriums der Verteidigung (BMVg) und des UBA teil. Bei Bedarf lädt die Kommission zusätzliche Sachverständige als Experten ein.
Die BWK diskutiert über aktuelle Fragen und Probleme der Schwimm- und Badebeckenwasserhygiene und gibt hierzu Empfehlungen heraus, insbesondere zum vorbeugenden Gesundheitsschutz. Diese Empfehlungen der BWK werden in der Zeitschrift Bundesgesundheitsblatt-Gesundheitsforschung-Gesundheitsschutz veröffentlicht und sind dem Charakter nach Sachverständigengutachten. Die Empfehlungen der BWK dienen vor allem den Gesundheitsämtern und Badbetreibern als Handlungsgrundlage.