Eine relativ geringe Menge des gesamten Abfalls von Krankenhäusern muss speziell behandelt werden. Maximal fünf Prozent (etwa 5.000 Mg/a) des Gesamtabfallaufkommens aus Krankenhäusern und sonstigen Gesundheitseinrichtungen bestehen aus infektiösen Abfällen, die auf Grund ihres Infektionsrisikos als gefährliche Abfälle nach der Abfallverzeichnisverordnung (AVV) gelten.
Die infektiösen Abfälle werden gemäß der Vollzugshilfe zur Entsorgung von Abfällen aus Einrichtungen des Gesundheitsdienstes (LAGA M18) getrennt erfasst und mit einem thermischen Verfahren nach Vorgaben des Robert Koch-Institutes behandelt. Dies kann neben der Sterilisation beziehungsweise Desinfektion mittels Wasserdampf auch durch Verbrennung der Abfälle erfolgen.
Die weitaus größere Abfallmenge kann, mit entsprechender Sorgfalt bei Sammlung, Lagerung und Transport in den thermischen Abfallbehandlungsanlagen zusammen mit Siedlungsabfällen entsorgt beziehungsweise verwertet werden.
In Deutschland befindet sich eine spezielle Krankenhausabfall-Verbrennungsanlage als Einzelanlage in Kiel/Wellsee. Zwei weitere Siedlungsabfallverbrennungsanlagen (Augsburg und Bielefeld) verbrennen infektiöse Abfälle in separaten Verbrennungsaggregaten. Das dabei entstehende Abgas wird der Abgasreinigungsanlage der benachbarten Siedlungsabfallverbrennungsanlage zugeführt, um die Emissionen zu mindern.
Ein Teil der infektiösen Abfälle geht zur thermischen Beseitigung in speziell zur Entsorgung von gefährlichen Abfällen errichtete Abfallverbrennungsanlagen (sogenannte Sonderabfallverbrennungsanlagen). Auf dem Weg dorthin wird er in dafür zugelassenen, verschlossenen Transportbehältern (UN-Klasse 6.2) transportiert.
Die LAGA-Mitteilung 18 „Vollzugshilfe zur Entsorgung von Abfällen aus Einrichtungen des Gesundheitsdienstes“ ist auf der Website der Länderarbeitsgemeinschaft Abfall (LAGA) verfügbar.