Mit Schiffen werden biologische, physikalisch-chemische sowie hydrografische Daten erfasst. Feste Bojen messen im Dauereinsatz hydrografische und physiko-chemische Werte. Aus Flugzeugen wird die großräumige Verteilung etwa von Großalgen, Seegras oder von Meeressäugern beobachtet. Das Monitoringhandbuch des BLMP enthält ausführliche Informationen unter anderem zu Messstationen, Messparametern und Messmethoden. Die kontinuierliche Datenerhebung kann je nach Bedarf durch überblicksartige Erfassungen und Forschungsaktivitäten ergänzt werden.
Diese klassische Beprobung wird zunehmend durch innovative Methoden erweitert. Satelliten überwachen die Konzentrationen von Chlorophyll und Algenblüten, Messgeräte auf Bojen oder Fähren messen autonom. Das Screening von Wasser-, Sediment- und Organismenproben auf die Vielzahl von möglichen Schadstoffen ergänzt die übliche Monitoringanalyse solcher Proben auf bekannte Indikatorschadstoffe. Die Beprobung von freier Plankton-DNA im Meer (eDNA) dient zur ergänzenden Untersuchung der marinen Biodiversität. KI-basierte Methoden ermöglichen zunehmend die automatische Erkennung und Klassifizierung von Planktonarten in Unterwasseraufnahmen.
Für meereswissenschaftliche Fragestellungen werden häufig marine Ökosystemmodelle eingesetzt. Diese Modelle ermöglichen es, Referenzzustände zu bestimmen, indem sie historische, unbelastete Zustände der Meeresgewässer rekonstruieren. Dabei können sie deutlich weiter in die Vergangenheit zurückblicken, als es mit den verfügbaren Messdaten möglich wäre. Für die Nord- und Ostsee werden Ökosystemmodelle auch eingesetzt, um erforderliche Nährstoffeintragsreduktionen zu ermitteln. Neben marinen Modellen spielt für den Meeresschutz auch die Abbildung der Situation in den Flusseinzugsgebieten eine große Rolle. Solche Einzugsgebietsmodelle können z.B. Informationen liefern, aus welchen Quellen Nähr- und Schadstoffeinträge stammen. Das Umweltbundesamt entwickelt im Rahmen von Forschungsvorhaben die Modellkapazitäten ständig weiter und nutzt Modellergebnisse zur Beantwortung meereswissenschaftlicher Fragestellungen.