Nach der POP-Verordnung ((EG) Nr. 850/2004) Art. 7 (2) müssen Abfälle, die persistente organische Schadstoffe („POPs“) enthalten, so verwertet oder beseitigt werden, „dass die darin enthaltenen persistenten organischen Schadstoffe zerstört oder unumkehrbar umgewandelt werden“. Abfall gilt dann als „POP-haltig“, wenn dessen POP-Gehalt größer oder gleich einer bestimmten Grenzwertkonzentration im Anhang IV der POP-Verordnung ist. Der für HBCD festgelegte Grenzwert beträgt 1000 mg/kg. Mit dem Grenzwert wird das Ziel verfolgt, HBCD aus dem Wertstoffkreislauf auszuschließen.
Seit dem 1. August 2017 gilt für die Entsorgung von nicht als gefährlich eingestuften POP-haltigen Abfällen wie HBCD-haltige Dämmstoffabfälle die "Verordnung über die Getrenntsammlung und Überwachung von nicht gefährlichen Abfällen mit persistenten organischen Schadstoffen (POP-Abfall-Überwachungsverordnung - POP-Abfall-ÜberwV)". Diese Reglung betrifft vor allem Polystyrol-Dämmstoffe, die mit HBCD als Flammschutzmittel ausgerüstet sind. Expandiertes Polystyrol (EPS) enthält in der Regel 0,7% und extrudiertes Polystyrol (XPS) ca. 1,5% HBCD. EU-weit muss HBCD nach der CLP-Verordnung unter anderem mit dem gesundheitsbezogenen Gefahrenhinweis H361 „Kann vermutlich die
Fruchtbarkeit beeinträchtigen oder das Kind im Mutterleib schädigen“ versehen werden. Gemäß Anhang III der Richtlinie 2008/98/EG des Europäischen Parlaments und des Rates vom 19. November 2008 über Abfälle und zur Aufhebung bestimmter Richtlinien, ist für HBCD eine Einstufung als gefährlich auf Grundlage des Gefahrenmerkmals HP 10 („Reproduktionstoxisch“) nicht gegeben, da der Grenzwert für H361 bei 3% liegt. Gemäß POP-AbfallÜberwV gilt dennoch für HBCD ein Vermischungsverbot sowie die Nachweispflicht. HBCD-haltige Abfälle können in Abfallverbrennungsanlagen für Siedlungsabfälle behandelt werden.
Nach der Abfallverzeichnis-Verordnung werden HBCD-haltige Dämmstoffabfälle der Abfallschlüsselnummer „17 06 04 Dämmmaterial mit Ausnahme desjenigen, das unter die Abfallschlüssel 17 06 01 und 17 06 03 fällt“ zugeordnet.
Die Reglungen der POP-Abfall-ÜberwV gelten ebenfalls für weitere Abfallarten die POP-haltig sein können und nicht als gefährlich eingestuft sind, wie Bauteile (16 01 22, 16 02 16), gebrauchte Geräte (16 02 14), Kunststoffabfälle (17 02 03) die Schredderleichtfraktion (19 10 04) oder elektrische oder elektronische Altgeräte (20 01 36). Für alle diese Abfälle gilt die Vorschrift der POP-Verordnung, dass der POP-Gehalt in ihnen unumkehrbar zerstört oder umgewandelt werden muss. Hierfür ist die Abfallverbrennung das geeignete Verfahren. Noch in der Erprobung befinden sich Verfahren zur selektiven Abtrennung von HBCD aus Polystyrolabfällen.