Der Zustand des Grundwassers hat sich in den vergangenen Jahren aber verbessert: „Erfreulich ist der Rückgang der Pestizid-Belastung des Grundwassers. Das ist vor allem Folge der strengen Zulassung der Stoffe in Deutschland und der EU. Flüsse, Bäche und Seen sind aber nach wie vor betroffen, besonders wenn Landwirte ihre Feldspritzen in Gewässernähe oder auf dem Hof reinigen.“, sagte Krautzberger. Mit dem Waschwasser können Pestizidrückstände vom Hof in die Kanalisation gelangen; in den Kläranlagen werden die Mittel dann nicht ausreichend abgebaut.
Beim Stickstoff (chemisch: N) gibt es zwar ebenfalls Fortschritte, flächendeckend ist ein guter chemischer und ökologischer Zustand aber bei weitem noch nicht erreicht. Stickstoff ist unerlässlicher Nährstoff für alle Lebewesen. Zu viel Stickstoff schädigt jedoch die Umwelt. Zu viel Gülle lässt in viehstarken Regionen auch die Nitratkonzentrationen (NO3-) im Grundwasser über die Grenzwerte schnellen. Das UBA empfiehlt, sowohl Gülle als auch Mineraldünger schnell einzuarbeiten und ausreichenden Abstand zu Bächen, Flüssen und Seen zu halten. Überschüssige Gülle aus viehstarken Regionen sollte überregional gemäß guter fachlicher Praxis verwertet werden. Mit der Novellierung der Düngeverordnung soll die Anwendung von Düngemitteln, insbesondere von Gülle den Erfordernissen des Umweltschutzes besser angepasst werden. Mit der Verordnung für Anlagen zur Lagerung wassergefährdender Stoffe (AwSV) soll ein besserer Schutz gegen Leckagen aus Anlagen sichergestellt werden, die Jauche, Gülle und Silagesickersäfte lagern.
Stickstoff in Form von Ammoniak (NH3) belastet auch die Luft noch zu stark. Ammoniak ist ein Vorläufer des lungengängigen Feinstaubs, dessen Entstehung aus gesundheitlichen Gründen begrenzt werden muss. Beim Ammoniak gerät Deutschland zudem in Kollision mit EU-Recht: Gemäß der Richtlinie über nationale Emissionshöchstmengen darf Deutschland jährlich 550 Kilotonnen Ammoniak ausstoßen. Derzeit wird diese Obergrenze nicht zuverlässig eingehalten. Genehmigungsbedürftige Geflügel- und Schweineställe müssen daher künftig zu Recht mit einer Abluftreinigung ausgestattet werden. Laut UBA wäre es auch ratsam, bei Rinderställen eine entsprechende Pflicht einzuführen.
Der Schutz der Böden ist in Deutschland anders als noch 1985 sogar per Gesetz geregelt. Die Landwirtschaft kommt ihrer Pflicht zum vorsorgenden Bodenschutz dadurch nach, dass sie die gute fachliche Praxis beachtet: Direktzahlungen bekommt sie nur in vollem Umfang, wenn sämtliche Flächen in einem guten landwirtschaftlichen und guten ökologischen Zustand erhalten werden. In der Praxis findet Erosion, Schadverdichtung und Humusabbau aber immer noch statt. Enge Fruchtfolgen, spät schließende Reihenfrüchte oder schweres Gerät sind nach wie vor zulässig. Aber es gibt Lösungen, etwa eine konservierende Bodenbearbeitung, Streifenbearbeitung, ganzjährige Bodenbedeckung oder Zwischenfrüchte.
Die Belastung landwirtschaftlicher Böden mit Plastik und Mikroplastik war 1985 noch kein Thema. Vermutete Quellen sind Reste von in der Landwirtschaft eingesetzten Folien, Klärschlamm und Komposte. Hier sind aber zunächst valide Schätzungen zu den Eintragsmengen nötig, um effektive Minderungsstrategien zu entwickeln.
Anlass der neuen Studie ist das 30-jährige Jubiläum des Sondergutachens „Umweltprobleme der Landwirtschaft“, das der Sachverständigenrat für Umweltfragen (SRU) im Jahr 1985 veröffentlicht hatte. Das Gutachten hatte einige Verbesserungen bewirkt; auf manchen Gebieten kämpft Deutschland allerdings noch mit den altbekannten Problemen. Prof. Dr Wolfgang Haber, seinerzeit SRU-Vorsitzender, sagte: „Besonders beklagenswert ist, dass die angestrebte Trendwende beim Artenschutz verfehlt wurde. Arten und ihre Biotope sind in unseren Agrarlandschaften nach wie vor im Rückgang. Auf diese Weise geht ein bedeutender Teil unseres Artenreichtums verloren und ist nur schwer wieder zu ersetzen.“