Die zu hohen Stickstoffeinträge stammen aus der intensiven Tierhaltung, der Verwendung Handelsdünger und der Verbrennung fossiler Stoffe. Sie belasten 98 Prozent der empfindlichen Naturräume in Deutschland. Stickstoff wirkt versauernd und eutrophierend, also einseitig düngend auf Böden. Das daraus resultierende unausgewogene Nährstoffangebot und der Säurestress sind für viele Pflanzen und Bodenlebewesen schädlich. Die Angleichung der Lebensbedingungen in der Natur auf ein zunehmend versauertes, eutrophiertes Niveau reduziert die biologische Vielfalt. Pflanzenarten, die an nährstoffarme und weniger saure Bedingungen anpasst sind, haben langfristig geringe Überlebenschancen. Zahlreiche, für Magerstandorte typische Pflanzenarten -beispielsweise viele Flechten und Orchideen - stehen bereits auf der Roten Liste der gefährdeten Arten.
Die Mitgliedsstaaten der Europäischen Union verpflichteten sich mit der Richtlinie zu Nationalen Emissionsobergrenzen sowie in der Genfer Luftreinhaltekonvention dazu, die Eutrophierung und Versauerung bis 2010 im Vergleich zu 1990 deutlich zu reduzieren. Auch die UN-Konvention über die Biologische Vielfalt (CBD) erkennt das Problem und bezeichnet die Stickstoffbelastung als Risiko für die Biodiversität.
Um die erforderliche Minderung des Stickstoffeintrags zu erreichen, sind erhebliche Anstrengungen, vor allem in der Landwirtschaft notwendig: „Stickstoff als Ammoniak kommt zu 95 Prozent aus der Landwirtschaft. Wir haben also im Landbau noch einiges vor uns, dieser muss die Stickstoffemissionen deutlich reduzieren”, so Troge. „Landwirte können die Stickstoffeinträge in die Umwelt beispielsweise mit einer optimierten Fütterung und einem geringeren Stickstoffdüngereinsatz im Pflanzenbau mindern. Gülle sollte besser über Biogasanlagen vergoren und erst dann als Dünger auf die Felder gebracht werden. Das reduziert den Stickstoffeintrag und produziert gleichzeitig klimafreundliche Energie.”